[Python] openslide 라이브러리 기능, 이미지 metadata 추출

주로 whole-slide image/virtual slide 를 읽어오기위해 사용하는 라이브러리로 read 가능한 이미지 포맷은 아래와 같음.

• Aperio (.svs, .tif)
• Hamamatsu (.ndpi, .vms, .vmu)
• Leica (.scn)
• MIRAX (.mrxs)
• Philips (.tiff)
• Sakura (.svslide)
• Trestle (.tif)
• Ventana (.bif, .tif)
• Generic tiled TIFF (.tif)

OpenSlide Python — OpenSlide Python 1.1.2 documentation

상단 api 문서를 참고 하여 기본적인 기능 사용해보았음.

import os
import openslide
import glob
 
 
path ='/data/sample.svs'
img = openslide.OpenSlide(path) #이미지 불러오기
print(img.level_count,#슬라이드 레벨의 개수
      img.dimensions, #레벨0 기준 (w,h)
      img.level_dimensions #각레벨의 (w,h)
      img.properties ,sep='\n') #슬라이드의 metadata
 
#(location, level, size) 해당 region 가져오기
img.read_region([0,10000],0,(100,100))  
 
 
 
file_path = '/data/' #다수 이미지 저장된 데이터 경로
 
#데이터 경로에서 확장자 svs인 데이터의 appmag 정보 반복문으로 출력
for path_slide in sorted(glob.glob(file_path + '*.svs')):
    img = openslide.OpenSlide(path_slide)
    print(path_slide[-17:-4], ", mag :",img.properties['aperio.AppMag'])